微波萃取的原理主要是利用微波强烈的热效应:被加热物质的极性分子在微波场中快速转向及定向排列、撕裂和相互摩擦,从而产生强烈的热效应。传统的加热方式中,容器壁大多由热的不良导体制成,热由器壁传导到溶液内部需要时间;另外,因液体表面的气化,对流传热形成内外的温度梯度,仅一小部分液体与外界温度相当。相反,微波加热是一个内部加热过程,它不同于普通的外加热方式将热量由外向内传递,而是同时直接作用于内部和外部的介质分子,是整个物料同时被加热,即“体加热”过程。因此,克服了传统的传导式加热方法—温度上升慢的缺点,保证了能量的快速传导和充分利用。